问一个关于办土地证的问题。

我一个朋友，几年前买了一套商品房。当时打了99折，而且前多少名的可以优惠1万元，这两个优惠条件他都享受了。合同上写的购买单价，是原单价，面积肯定也就是房屋面积。发票是交款的实际金额，即优惠后的金额。但是去办土地证的时候，说是要按原单价*面积为基数来算，而不是按实际购房的价格来计算。请问一下，各位有办过土地证的吗？是不是都是这样的啊？