增值税专用发票是发货票中的一种，是供增值税一般纳税人生产经营增值税应税项目使用的一种特殊发票，它不仅是一般的商事凭证，而且还是计算抵扣税款的法定凭证。在业务往来时，经常是需要开具和接收增值税发票，一个不注意就容易丢失，所以大家要妥善保管。如果遇到增值税发票丢失情况，该如何处理呢？
第一联存根联，由开票方留存备查。销货方在使用增值税专用发票时，必须按规定保存该联，不得从增值税专用发票的发票本上撕下。
第二联为发票联，收执方作为付款或收款原始凭证，属于商事凭证。
第三联为税款抵扣联，是购货方计算进项税额的证明，由购货方取得该联后，按税务机关的规定，依照取得的时间顺序编号，装订成册，送税务机关备查。
正常情况下，增值税专用发票开具后，购买方将持有发票联和抵扣联，发票联作为核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证，抵扣联作为报送主管税务机关认证和留存备查的凭证，销售方则持有记账联，作为核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。
5种丢失情况及处理方式：
1、如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；
2、如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
1、如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；
2、如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
1、可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
具体处理流程如下：
首先要到办税厅领取并填写《发票挂失/损毁报告表》，并且要在报纸上刊登遗失声明，申请主管税务局出《丢失增值税专用发已报税证明单》。（备注：地级市以上报刊上刊登“遗失声明”即可）
《丢失专用已报税证明单》申请开具流程：
（一）申请。纳税人携带上述资料到办税服务厅申报征收岗申请开具丢失专用已抄报税证明单。
（二）受理审核。办税服务厅申报征收岗受理审核纳税人提交的资料。符合条件的，当场受理办理。纳税人提交纸质资料不全或者填写内容不符合的，一次性告知纳税人补正或重新填报。
（三）开具。纳税人提供资料符合条件的，办税服务厅申报征收岗即时开具丢失专用已抄报税证明单。
Z后提醒企业财务人员，必须按照《增值税专用发票使用规定》保管使用专用发票，否则会造成被盗、丢失专用发票，就要按照《国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用发票的处理意见的通知》（国税函〔1995〕292号）进行处理，可处以一万元以下的罚款，并可视具体情况，对丢失专用发票纳税人，在一定期限内（Z长不超过半年）停止领购专用发票（这可是会影响公司经营的大事，不能开具专用发票会影响公司的业务经营）。对纳税人申报遗失的专用发票，如发现非法代开，虚开问题的，该纳税人应承担偷税、骗税的连带责任。
